微卫星DNA(Microsatellite DNA),即简单重复序列(SSR,simple sequence repeats)以其共显性、重复性好、多态性丰富、易于操作等优点,成为作物品种鉴定审定、遗传连锁图谱构建和QTL定位等最有效的分子标记方法之一。目前,荞麦属植物有限的SSR分子标记均由经典的方法开发而来[1-2],限制了SSR分子标记在普通荞麦分子遗传学上的应用。近年来,快速发展的高通量测序技术,使低成本基因组和转录组测序成为可能,这不仅极大地丰富了植物的序列信息,促进了植物基因的发掘和表达模式研究的发展,同时也为大规模SSR分子标记的发掘提供了序列基础[3-5]。Yasui等[6]通过转录组比较鉴定了普通荞麦短花柱的候选基因SELF3。Logacheva等[7]对甜荞和苦荞花序均一化cDNA进行了454焦磷酸测序,虽挖掘了甜荞和苦荞花序特有的基因,但尚未分析SNP及SSR位点。普通荞麦(F.esculentum Moench),又称甜荞,属蓼科,是荞麦属中第一大栽培种。我国普通荞麦栽培历史悠久,种质资源丰富[8-9]。长期以来,荞麦的研究主要集中在理化性质、营养特性及药用价...

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